Свой трудовой путь Елена Афанасенко начинала в середине 80-х в государственных структурах Брянской области. Затем с 2003 по 2008 гг. была первым заместителем генерального директора ОАО «Брянскспиртпром», а с 2008 по 2011 гг. – руководителем Департамента сбыта и впоследствии заместителем гендиректора по маркетингу и продажам ФГУП «Росспиртпром». С 2011 года Елена Григорьевна переходит в Росалкогольрегулирование, где в ранге начальника Управления курирует вопросы соблюдения лицензионных условий в сфере производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции. 

На новом посту Елена Афанасенко будет контролировать деятельность трех управлений РАР: Управления лицензирования производства этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, Управления лицензирования оборота алкогольной и спиртосодержащей продукции и Управления судебной работы. В ее обязанности будет входить организация работы по выдаче, приостановке и аннулированию лицензий, ведению государственного сводного реестра лицензиатов и основного технологического оборудования, представлению интересов Росалкогольрегулирования в судебных органах и проч.